自动化工程实践教育中心实行学校、学院两级管理体制。学校设备处是实验教学中心的行政管理部门，对中心工作实施宏观指导，并对中心每年的常规实验实训经费、设备费以及其他专项经费实行预算单列，以确保中心的正常运行；实验教学中心主任为自动化学院的国家级教学名师戴先中教授。

为了确保实践教育中心各项工作的顺利进行，东南大学成立自动化工程实践教育中心管理委员会、教学工作指导委员会和和工作组。

各委员会安排如下：

东南大学自动化工程实践教育中心管理委员会。主任由东南大学分管校长担任，副组长由中心主任、设备处长、教务处长和学院院长担任，委员来自菲尼克斯、南瑞电气、扬子石化、及盛泰信通等合作企业。管理委员会全面领导、规划、组织、协调工程实践教育中心的建设，管理委员批准中心规章制度，讨论中心的发展规划，研究批准预算，协调中心各方面的资源配置，考核评价中心工作，并负责有关决策工作。

东南大学自动化工程实践教育中心实践教学指导委员会。由自动化学院、学校教务处、设备处等相关职能部门的负责领导及各校外企业基地的专家组成，负责审议中心的目标、任务、共同制定的教学目标、培养方案和课程体系等，具体就课程设置、实验教学计划、实训实习、毕业设计、校企合作、质量保障、毕业要求等提供建议和指导。

东南大学自动化工程实践教育中心工作委员会。由东南大学自动化学院及各校外企业实践基地有关管理部门具体工作管理人员组成。根据工程实践教育中心的组织架构，中心主任负责中心的总体规划和总体指导，常务副主任负责中心的日常运行。其它成员为自动化学院负责生产实习、SRTP、学生竞赛和课外研学的教师，以及校外实践基地主要工作管理人员的协调人员。

中心体托教育部重点实验室、国家重点学科，在职称结构、学历结构、年龄结构等方面合理规划、配置实践教学队伍，通过近几年的建设，形成了一支由中青年骨干教师为主体，理论课教师、实验教师、实验技术人员、助研助教四位一体，核心骨干相对稳定，热爱实验教学，教育理念先进，学术水平高，教学科研能力强，服务意识强，实践经验丰富，熟悉实验技术，勇于创新的实验教学队伍。

自动化学院科研力量雄厚，科研水平较高，为高素质实验师资队伍的成长提供了保证，有力地推动了实验教学改革。一方面大量的高水平科研项目的实施为科研与教学产生互动效应提供了条件，另一方面为了落实鼓励教授、副教授为本科生指导科研训练实践，学院出台了一系列的教学管理规定，鼓励教师开展教学研究。

中心按照“有序开放、安全第一”的原则，高度重视并多年实施实验室开放运行制度，严格执行“安全教育学习”制度，规定凡未参加安全教育学习的学生不得进入实验室进行自主实验。自2006年开始，一直积极对外开放，坚持寒暑假开放，近几年年均开放达8000～9000人时。

随着东南大学大学生课外研学活动的广泛开展，大部分学生在二年级下学期和三年上学期开始申报SRTP项目或其他课外研学项目，大部分研学项目与网络通讯、控制器密切相关，形成了对实践环境的较大需求。中心及时开放实验室的部分场地和设备，建设了大学生创新实验室，在控制、网络、软件开发等方面提供器材和综合研究与训练环境，有效促进了研究性学习氛围的形成。学生自主管理的开放性创新实验室成为学生开展课外研学的重要场所。