自动化工程实践教育中心实行学校、学院两级管理体制。学校设备处是实验教学中心的行政管理部门，对中心工作实施宏观指导，并对中心每年的常规实验实训经费、设备费以及其他专项经费实行预算单列，以确保中心的正常运行；实验教学中心主任为自动化学院的国家级教学名师戴先中教授。

为了确保实践教育中心各项工作的顺利进行，东南大学成立自动化工程实践教育中心管理委员会、教学工作指导委员会和和工作组。

各委员会安排如下：

东南大学自动化工程实践教育中心管理委员会。主任由东南大学分管校长担任，副组长由中心主任、设备处长、教务处长和学院院长担任，委员来自菲尼克斯、南瑞电气、扬子石化、及盛泰信通等合作企业。管理委员会全面领导、规划、组织、协调工程实践教育中心的建设，管理委员批准中心规章制度，讨论中心的发展规划，研究批准预算，协调中心各方面的资源配置，考核评价中心工作，并负责有关决策工作。

东南大学自动化工程实践教育中心实践教学指导委员会。由自动化学院、学校教务处、设备处等相关职能部门的负责领导及各校外企业基地的专家组成，负责审议中心的目标、任务、共同制定的教学目标、培养方案和课程体系等，具体就课程设置、实验教学计划、实训实习、毕业设计、校企合作、质量保障、毕业要求等提供建议和指导。

东南大学自动化工程实践教育中心工作委员会。由东南大学自动化学院及各校外企业实践基地有关管理部门具体工作管理人员组成。根据工程实践教育中心的组织架构，中心主任负责中心的总体规划和总体指导，常务副主任负责中心的日常运行。其它成员为自动化学院负责生产实习、SRTP、学生竞赛和课外研学的教师，以及校外实践基地主要工作管理人员的协调人员。

心按照“有序开放、安全第一”的原则，高度重视并多年实施实验室开放运行制度，严格执行“安全教育学习”制度，规定凡未参加安全教育学习的学生不得进入实验室进行自主实验。自2006年开始，一直积极对外开放，坚持寒暑假开放，近几年年均开放达8000～9000人时。

针对实验室是安全事故易发场所，学校、职能部门和院系领导均对实验室的安全予以足够重视，坚持“安全第一，预防为主，综合治理”的方针，把安全工作的每个环节做细做实，工作不留死角。明确实验室安全工作领导责任人、实验室安全管理责任人，同时落实实验室每个房间安全责任人。安全制度齐全，制定了实验室（各种操作规程）、安全应急预案、安全卫生检查制度。配置齐全了实验室的消防设施，灭火器、灭火毯等。安全检查不放松，每年开展两次全面的实验室安全检查各种，平时常开展一些针对性的专项检查，如用电检查、特种设备检查、卫生检查等，发现问题及时整改。每年开展1-2次的对“危化品、贵重仪器、门窗、水电、电气设备、消防”等实验室安全知识的培训活动，要求实验技术人员“防爆、防火、防误操作”，确保水、电、气、门窗、钥匙等的安全。对实验室的废弃物，严格安全学校的规定，集中分类交有资质的公司统一处理，以免对环境造成危害。实验室严格执行安全准入制，每年新生进入实验室前，必须经过实验室安全知识的学习培训，并通过实验室自编的安全常识知识的网络考试后，方可进实验室学习。